En 2008, dans le cadre de la réorganisation générale des armées et de la transformation du Service de Santé des Armées, l'école de Lyon-Bron est choisie pour devenir l'école unique de formation des médecins, pharmaciens, chirurgiens-dentistes et vétérinaires du SSA.

Un nouveau nom est choisi : École de Santé des Armées, ainsi qu'une nouvelle devise et un nouvel insigne. L'école se voit alors confier un nouveau drapeau.